L’AFP-PME couvre toutes les 13 Régions du Burkina Faso.
La Direction Générale basée à Ouagadougou est constituée de dix (10) Directions techniques à savoir:
- Audit Technique (A.I);
- Conseil Technique (C.T);
- Contrôle de Gestion (C.G) ;
- Direction financière et Comptable (D.F.C) ;
- Direction des Partenariats et du Développements des Projets (D.P.P)
- Directions des affaires juridiques et du Contentieux (D.A.J.C);
- Direction Technique Régionale du Centre (D.T.R/C);
- Direction Technique Régionale de l’Ouest (D.T.R/O);
- Direction des Ressources Humaines (D.R.H);
- Direction de l’Appui Conseil et du Renforcement des Capacités des Entreprises (D.A.R.C.E);
- Service Suivi-Evaluation (S.S.E);
- Personne Responsable des Marchés (P.R.M);
- Service de Marketing et Communication (S.M.C);
- Service Informatique (S.I);
- Pool Secrétariat (P.S);
La Direction Technique Régionnale du Centre (DTR/C), basée à Ouagadougou, couvre neuf (09) Régions:
- le Centre ;
- le Centre-Est ;
- le Centre-Nord ;
- le Centre-Ouest ;
- le Centre-Sud ;
- l’ Est ;
- le Nord ;
- le Plateau Central ;
- le Sahel.
La Direction Technique Régionnale de l’Ouest (DTR/O), basée à Bobo-Dioulasso, couvre quatre (04) Régions:
- la Boucle du Mouhoun ;
- les Cascades ;
- les Hauts-Bassins ;
- le Sud-Ouest.