L'Agence est sous la tutelle technique du Ministère du Commerce, de l’Industrie et de l’Artisanat (MCIA) et sous la tutelle financière du Ministère de l’Economie, des Finances et du Développement(MINEFID).L’AFP-PME est structurée autour d'un Conseil d'Administration (CA) et d'une Direction Générale.